Deney Hayvanları Araştırma ve Uygulama Merkezi ile bu merkez bünyesinde kurulan Et İşleme Ünitesi 13 Ocak 2003 tarihinde açılmıştır. Merkez ve ünite Uygulama ve Araştırma Çiftliğinde yer almaktadır. Deney Hayvanları Araştırma ve Uygulama Merkezi, insan üzerinde denenemeyecek araştırmaların hayvanlarda yapılması ve sistemli bir akademik araştırma ortamı oluşturarak bilim adamlarının hızlı bilgi üretimine yardımcı olunması amacıyla kurulmuştur. Araştırma ve Uygulama Merkezi kapsamında yer alan merkez binadaki hayvan odası ve operasyon salonu yaklaşık 300 m2 alan üzerinde yer almaktadır. Binanın restorasyonu ve düzenlenmesi için 70 milyar lira harcanmıştır. Merkezde yapılacak araştırma ve eğitsel çalışmalar için hayvan kullanılmasında uyulması gerekli ilke ve esaslar da belirlenmiştir. Üniversite Senatosu, 2002/6 sayılı toplantısında Afyon Kocatepe Üniversitesi Hayvan Etik Kurulu Yönergesini kabul etmiştir. Üniversitemiz veya diğer kurumlardan teklif edilen diğer projeler aynı ilke ve esaslar yönünden değerlemeye tabi tutulmaktadır. Hayvan Etik Kurulunun görev ve yetkileri, Afyon Kocatepe Üniversitesinde bilimsel araştırma, eğitim-öğretim gibi amaçlarla deney hayvanı ile yapılacak deneysel ve gözlemsel çalışmaların, deney hayvanının etiksel hakları yönünden ulusal ve/veya uluslararası standartlara uygun olmasını incelemek amacıyla gerektiğinde yeni kurallar koymak ya da çalışmayı durdurmak gibi ilkeleri saptamak ve uygulamak şeklinde belirlenmiştir.