Afyon Kocatepe Üniversitesi bünyesinde 4 yüksekokul, 1 Devlet Konservatuvarı bulunmaktadır. Afyon Sağlık Yüksekokulu, Afyonkarahisar Devlet Hastanesinin yanındaki binasında eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. Yabancı Diller Yüksekokulu ve Turizm İşletmeciliği-Otelcilik Yüksekokulu Ahmet Necdet Sezer Kampusü'nde, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ile Devlet Konservatuvarı da Ahmet Karahisari Kampusündedir. 2007-2008 akademik yılında üniversitemizin yüksekokullarında 721 öğrenci öğrenim görmektedir.
Afyon MYO
Atatürk Sağlık Hiz. MYO
Başmakçı MYO
Bayat MYO
Bolvadin MYO
Çay MYO
Dinar MYO
Dazkırı MYO
Emirdağ MYO
İscehisar MYO
Sandıklı MYO
Sinanpaşa MYO
Sultandağı MYO
Şuhut MYO