Afyon Kocatepe Üniversitesi bünyesinde 4 yüksekokul, 1 Devlet Konservatuvarı bulunmaktadır. Afyon Sağlık Yüksekokulu, Afyonkarahisar Devlet Hastanesinin yanındaki binasında eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. Yabancı Diller Yüksekokulu ve Turizm İşletmeciliği-Otelcilik Yüksekokulu Ahmet Necdet Sezer Kampusü'nde, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ile Devlet Konservatuvarı da Ahmet Karahisari Kampusündedir. 2007-2008 akademik yılında üniversitemizin yüksekokullarında 721 öğrenci öğrenim görmektedir.
Devlet Konservatuarı
Afyon Sağlık Yüksekokulu
Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
Yabancı Diller Yüksekokulu
Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu